Trotz Abgabe eines Warnsignals konnte der Triebfahrzeugführer die Kollision mit dem Pkw nicht mehr verhindern. Durch die Wucht des Zusammenstoßes wurde der Wagen etwa 80 Meter auf den Gleisen mitgeschleift. Der Autofahrer erlag noch an der Unfallstelle seinen Verletzungen. Die Zugspassagiere wurden aus dem Inneren befreit, blieben aber unverletzt.
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Zur Bergung des Fahrzeuges wurde die Feuerwehr Wilhelmsburg nachalarmiert. Nach etwa zweieinhalb Stunden konnte die Strecke – nach Rücksprache mit den ÖBB – wieder freigegeben werden. Sowohl der Triebfahrzeugführer als auch die Einsatzkräfte wurden danach psychologisch betreut.