Ernst Höger wurde am 30. August 1945 in Berndorf (Bezirk Baden) geboren. 1959 begann er eine Werkzeugmacherlehre in der VMW-Berndorf, wo er bis 1970 arbeitete. 1979 wurde Höger als Mitglied des Niederösterreichischen Landtages angelobt, im Mai 1980 zum Landesrat und 1986 zum Landeshauptmannstellvertreter gewählt.
Diese Funktion übte er bis November 1999 aus, im selben Jahr legte er auch nach mehr als 13 Jahren seine Funktion als Landesvorsitzender der SPÖ Niederösterreich zurück. Von 1982 bis 2000 war Höger auch Vorsitzender des ÖGB Niederösterreich. Im Jahr 1998 wurde Ernst Höger Ehrenvorsitzender der SPÖ Niederösterreich.
Höger erhielt zahlreiche Ehrungen und Auszeichnungen: Er war Ehrenbürger von St. Pölten (1992), er trug den Ehrenring des Landes Niederösterreich (1998) und das Große Goldene Ehrenzeichen mit dem Stern für Verdienste um die Republik Österreich (2005).
In seiner Heimatstadt Berndorf wurde 2005 eine Straße nach ihm benannt, seit elf Jahren trägt eine Wohnhausanlage in Wiener Neustadt seinen Namen.
Im Dezember 2004 wurde ihm im Wiener AKH erfolgreich ein Herz transplantiert, Höger bezeichnete dies immer als seinen „zweiten Geburtstag“. Zurückgegangen war die lebensgefährliche gesundheitliche Beeinträchtigung auf eine Ende der 1990er Jahre durch einen Zeckenbiss hervorgerufene Borreliose.